flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromPath"]
    v5["Channel.fromPath"]
    v8["Channel.fromPath"]
    v10["Channel.fromList"]
    v43["channel.fromSamplesheet"]
    v53["fasta"]
    v62["fasta"]
    v63["enzyme"]
    v66["enzyme"]
    v69["fasta"]
    v80[" "]
    v92["sort_bam"]
    v99["fasta"]
    v100["fai"]
    v113["fasta"]
    v195["long_bedpe_postfix"]
    v205["long_bedpe_postfix"]
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    v250["short_bed_postfix"]
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    v265["extension"]
    v280[" "]
    v296["resolution"]
    v320["resolution"]
    v354["enzyme"]
    v388["long_bedpe_postfix"]
    v389["short_bed_postfix"]
    v394["maps_3d_ext"]
    v439["long_bedpe_postfix"]
    v459["maps_3d_ext"]
    v467["ucscname"]
    v470["configfile"]
    v482["outdir"]
    v502["ch_workflow_summary"]
    v505["ch_methods_description"]
    end
    subgraph " "
    v7["ch_juicer_tools"]
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    v457["ch_v4c_files"]
    v461[" "]
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    v472["circos"]
    v484[" "]
    v485[" "]
    v489[" "]
    v513[" "]
    v514[" "]
    v515[" "]
    v517[" "]
    end
    subgraph NFCORE_HICAR
    subgraph HICAR
    v45([CHECKSUMS])
    subgraph PREPARE_GENOME
    v54([CHROMSIZES])
    v59([GENOME_FILTER])
    v64([COOLER_DIGEST])
    v67([RE_CUTSITE])
    v70([GENMAP_INDEX])
    v72([GENMAP_MAPPABILITY])
    v77([UCSC_WIGTOBIGWIG])
    v58(( ))
    v76(( ))
    v78(( ))
    end
    v84([FASTQC])
    v93([BWA_MEM])
    v101([SAMTOOLS_MERGE])
    subgraph BAM_STAT
    v106([SAMTOOLS_SORT])
    v108([SAMTOOLS_INDEX])
    v114([SAMTOOLS_STATS])
    v116([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v118([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    v112(( ))
    end
    subgraph PAIRTOOLS_PAIRE
    v131([PAIRTOOLS_PARSE])
    v132([PAIRTOOLS_SELECT_VP])
    v135([PAIRTOOLS_RESTRICT])
    v137([PAIRTOOLS_SELECT_LONG])
    v140([DUMP4HOMER])
    v143([BIOC_PAIRS2HDF5])
    v146([PAIRTOOLS_FLIP])
    v148([PAIRTOOLS_SORT])
    v150([PAIRTOOLS_DEDUP])
    v152([PAIRIX])
    v158([READS_STAT])
    v160([PAIRSQC])
    v162([PAIRSPLOT])
    v171([READS_SUMMARY])
    v154(( ))
    v165(( ))
    v178(( ))
    end
    subgraph COOLER
    v181([COOLER_CLOAD])
    v185([COOLER_MERGE])
    v188([COOLER_BALANCE])
    v190([COOLER_ZOOMIFY])
    v193([COOLER_DUMP_PER_GROUP])
    v196([DUMPREADS_PER_GROUP])
    v199([JUICER_PRE])
    v203([COOLER_DUMP_PER_SAMPLE])
    v206([DUMPREADS_PER_SAMPLE])
    v9(( ))
    v182(( ))
    v187(( ))
    v192(( ))
    v202(( ))
    end
    subgraph ATAC_PEAK
    v212([PAIRTOOLS_SELECT_SHORT])
    v215([SHIFT_READS])
    v220([MERGE_READS])
    v224([MACS2_CALLPEAK])
    v232([MERGE_PEAK])
    v237([ATACQC])
    v240([DUMP_READS_PER_GROUP])
    v244([BEDFILES_SORT_PER_GROUP])
    v246([UCSC_BEDCLIP])
    v248([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG_PER_GROUP])
    v251([DUMP_READS_PER_SAMPLE])
    subgraph COVERAGE_SCALE
    v260([GET_SCALE])
    end
    v264([BEDTOOLS_GENOMECOV_PER_SAMPLE])
    v266([BEDFILES_SORT_PER_SAMPLE])
    v269([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG_PER_SAMPLE])
    v217(( ))
    v222(( ))
    v229(( ))
    v230(( ))
    v234(( ))
    v257(( ))
    v262(( ))
    v277(( ))
    end
    subgraph COMPARTMENTS
    subgraph COOLTOOLS_COMPARTMENTS
    v297([COOLTOOLS_EIGSCIS])
    v285(( ))
    end
    end
    subgraph TADS
    subgraph HICEXPLORER_TADS
    v321([HICEXPLORER_HICFINDTADS])
    v324([HICEXPLORER_HICPLOTTADS])
    v323(( ))
    end
    end
    subgraph INTERACTIONS
    subgraph MAPS
    subgraph MAPS_MULTIENZYME
    v355([BIOC_ENZYMECUT])
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    v361([SEQLEVELS_STYLE])
    v364([ENSEMBL_UCSC_CONVERT1])
    v366([ENSEMBL_UCSC_CONVERT2])
    v371([UCSC_BIGWIGAVERAGEOVERBED])
    v376([MAPS_MERGE])
    v378([MAPS_FEATURE])
    v358(( ))
    v369(( ))
    v370(( ))
    v373(( ))
    end
    subgraph MAPS_PEAK
    v390([MAPS_MAPS])
    v391([MAPS_CALLPEAK])
    v395([MAPS_REFORMAT])
    v400([MAPS_STATS])
    v279(( ))
    v398(( ))
    v407(( ))
    end
    end
    v409([MERGE_INTERACTIONS])
    end
    subgraph DA
    v440([DIFFHIC])
    v420(( ))
    v446(( ))
    v455(( ))
    end
    v460([BIOC_CHIPPEAKANNO])
    subgraph RUN_CIRCOS
    v468([CIRCOS_PREPARE])
    v471([CIRCOS])
    v304(( ))
    end
    v483([IGV])
    v488([CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS])
    v512([MULTIQC])
    v39(( ))
    v44(( ))
    v46(( ))
    v81(( ))
    v96(( ))
    v405(( ))
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    v509(( ))
    v510(( ))
    v511(( ))
    v516(( ))
    end
    end
    v6(( ))
    v2 --> v39
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